In 1580 vond er in Bergen op Zoom een politieke omwenteling plaats die in het verlengde lag van de gebeurtenissen in heel Nederland. Dit betekende dat de (protestantse) Staten-Generaal de macht kregen en dat de rooms-katholieke organisaties uit de stad werden verbannen. Er kwam een einde aan de Gertrudis-parochie en aan diverse kloosters. Zo verdwenen de Begijnen en de Minderbroeders. Nog steeds verwijzen straatnamen naar de plekken waar die tot 1580 te vinden waren. Vanaf 1580 vinden er protestantse kerkdiensten plaats in de Gertrudiskerk, die een aantal eeuwen door het leven zal gaan als de Grote Kerk. Het kerkgenootschap heet dan “Nederduyts Gereformeerd”.

In 1651 mag de rooms-katholieke kerk zich weer in de stad vestigen, zij het als schuilkerk in een als kerk onherkenbaar gebouw.   In 1747 wordt de stad door de Fransen veroverd en wordt de Grote Kerk gebombardeerd. Deze brandt geheel uit en wordt, met giften uit protestants Nederland herbouwd en in 1752 opnieuw in gebruik genomen.  

In 1798 vindt er in Nederland door politieke druk (Napoleon en de Bataafse Republiek) een grondwetswijziging plaats waardoor er een scheiding komt tussen kerk en staat. De Nederduytse Gereformeerde Kerk is niet meer de enige godsdienst die op de steun van de overheid mag rekenen. In 1816 komt er zelfs een complete nieuwe kerkorde en vanaf dat moment wordt de kerk niet langer Nederduyts Gereformeerd genoemd maar Nederlands Hervormd. Deze wijziging van kerkorde werd de gelovigen enigszins opgelegd door de overheid en hiertegen waren natuurlijk bezwaren. Dit leidde tot onrust en uiteindelijk tot ruzie.  

In 1834 beginnen zich groepen af te scheiden uit de Hervormde Kerk.  

In 1857 ontstaat ook in Bergen op Zoom een afgescheiden groep.  

Vanaf 1880 is er binnen de Hervormde Kerk in Nederland grote onrust en splitsen steeds weer nieuwe groepen zich af. Deze beweging kennen we als de doleantie.  

In 1892 vormen al deze groepen samen in Nederland de Gereformeerde Kerken en vanaf dat moment is er ook een Gereformeerde Kerk in Bergen op Zoom. Ze kwamen bijeen in een gebouw in de Moeregrebstraat.  

In 1928 werd door deze gemeente een nieuwe kerk gebouwd aan het Bolwerk, thans de Ontmoetingskerk.  

Rond 1930 werd door een groep uit de Hervormde Gemeente een evangelisatie-lokaal gebouwd, thans het kerkelijk centrum Williamstraat.  

In 1966 moest de Hervormde Gemeente de Grote Kerk verlaten. Deze was te bouwvallig geworden en restauratie was gewoon te kostbaar. De kerk werd overgedragen aan de overheid en na wat omzwervingen werden de kerkdiensten vanaf 1967 gehouden in de Williamstraat.  

In 1972 ging tijdens de restauratie van de Gertrudiskerk het gebouw verloren ten gevolge van een grote brand. Ook het complete interieur ging in vlammen op.  

In 1987 werd de Gertrudiskerk geheel gerestaureerd weer opgeleverd. Zoals bekend is na de restauratie de kerk door de overheid in bruikleen gegeven aan de rooms-katholieke parochie van de Heilige Maagd Maria en hebben we als protestanten het recht van medegebruik.  

Op 29 september 1991 werd door de Hervormde Gemeente en de Gereformeerde Kerk van Bergen op Zoom een intentieverklaring getekend om Samen-op-Weg te gaan. Deze datum betekende de aanvang van een langdurig en voorzichtig proces.  

Tijdens de kerkdienst op januari 1995 werd aan de gereformeerde kerk aan het Bolwerk de naam Ontmoetingskerk gegeven. Vanaf die datum wordt er alleen nog maar gezamenlijk gekerkt.  

Op 20 september 1998 werd tijdens de startdienst de federatie-akte getekend. Deze datum is blijvend gemarkeerd in een van de luidklokken die naar aanleiding van deze gelegenheid in de toren van de Ontmoetingskerk zijn opgehangen. Tot zover deze opsomming.